In der "Windheimer Marsch" wurden nach intensivem Kiesabbau heimische Gehölze angepflanzt, Gewässerufer abgeflacht, Tümpel angelegt, die Abgrabungsgewässer durch Sand- und Kiesinseln aufgewertet oder durch Flutrinnen dem Weserhochwasser zugänglich gemacht. In älteren Abgrabungsbereichen haben sich inzwischen Röhrichtbestände, üppige Silberweiden-Auenwälder und Uferweidengebüsche entwickelt.

Eine für das Vogelschutzgebiet Weseraue einzigartige Maßnahme stellt die Wiederverfüllung, bzw. der Bodenabtrag mehrerer ehemaliger Abgrabungsbereiche auf ein deutlich geringeres, grundwassernahes Geländeniveau dar. Hierdurch sind große Bereiche entstanden, die längere Zeit im Jahr flach überstaut werden und so Lebensraum für selten gewordene, flussauentypische Tiere und Pflanzen bieten. Die zeitweilig trockenfallenden Schlammufer weisen zahlreiche spezialisierte Pflanzenarten auf. Die ausgedehnten Wasser- wechselzonen bilden innerhalb des Vogelschutzgebietes einen besonderen Anziehungspunkt für zahlreiche Watvogelarten, die sogenannten Limikolen.

Zur Offenhaltung der wertvollen Lebensräume weiden in der "Windheimer Marsch" auf großer Fläche genügsame Rinder und Pferde.

Hier sind zeitweise verschiedenste Wat- und Wasservögel wie Flussregenpfeifer, Alpenstrandläufer, Austernfischer, Grünschenkel, Rotschenkel, Temminckstrandläufer, Flussuferläufer, Knäk-, Löffel- und Krickente anzutreffen.

Auf blütenreichen Weideflächen fliegt der Schwalbenschwanz-Falter und legt seine Eier an den reichlich vorkommenden Pastinak-Pflanzen ab. Flache, vegetationsarme Tümpel nutzt die bedrohte Kreuzkröte als Laichgewässer. An größeren Stillgewässern fliegt die Große Mosaikjungfer, eine eindrucksvolle Libellenart, die eine Größe von 70-80 mm erreichen kann.

Die zeitweilig trockenfallenden Schlammufer, die durch die Weidetiere offen gehalten werden, weisen botanische Kostbarkeiten wie den Schlammling oder das Braune Cypergras auf. In Flutrasen findet sich das Kleine Flohkraut und in Uferröhrichten siedelten sich seltene Arten wie Schwanenblume und Strandsimse an.

Durch die Windheimer Marsch verläuft ein > Rund- weg mit mehreren Informationstafeln und einer Vogelbeobachtungshütte.